Kabupaten Pamekasan memiliki luas daratan 79.230 Ha dan luas pantai 18.000 Ha. Secara astronomis berada pada 6° 52' - 7° 13' LS dan 113° - 19'-113° 58 BT. Kabupaten Pamekasan secara administratif di batasi oleh Selat Madura pada bagian selatan, sebelah timur Kabupaten Sumenep, sebelah utara dibatasi laut Jawa dan sebelah barat Kabupaten Sampang.

Secara garis besar wilayah Kabupaten Pamekasan terdiri dari dataran rendah pada bagian selatan dan dataran tinggi di wilayah tengah dan utara dengan kemiringan lahan tidak lebih dari 2%. Kecamatan Pakong berada di dataran tertinggi dengan ketinggian 380 m dari permukaan laut sedangkan yang terendah adalah kecamatan Galis dengan ketinggian 6 m dari permukaan laut.

Secara geografis semakin utara lahannya cenderung semakin bergelombang dan berbukit, pada bagian tengah terdapat lahan datar yang cukup luas serta di pantai utara wilayah ini lahannya memiliki kemiringan antara 2% hingga 15%.

Kabupaten Pamekasan memiliki karakteristik dan kandungan tanah yang terdiri dari tanah aluvial. Tanah ini berkembang dari bahan induk yang berupa endapan liat (cetay) dan endapan liat yang bercampur pasir. Ciri yang paling menonjol adalah tanahnya berlapis-lapis dengan tingkat kesuburan yang relatif tinggi.

Kandungan tanah lainnya adalah tanah litosol yang berbahan induk berupa batu kapur, batu pasir, campuran batu endapan tuf, batuan vulakan dan campuran batu kapur. Tanah ini belum mengalami perkembangan, sehingga dianggap sebagai tanah yang paling muda. Kandungan lainnya adalah tanah regosol dan tanah mediteran.

Dengan kondisi sedemikian rupa Kabupaten Pamekasan termasuk dalam pengambangan daerah dengan basis produksi pertanian tanaman pangan. Tanaman pangan yang dihasilkan Kabupaten Pamekasan dikelompokkan menjadi 4 macam yaitu padi, palawija, sayuran dan buah-buahan. Disamping itu produksi perkebunan yang sangat menonjol di daerah ini adalah tanaman tembakau.

Dari 13 kecamatan yang ada di Kabupaten Pamekasan, kecamatan Batumarmar merupakan kecamatan terluas (9.707 Ha) atau sekitar 12,25 % dari seluruh wilayah Kabupaten Pamekasan. Kecamatan Pamekasan sebagai ibukota Kabupaten justru memiliki luas terkecil (2.647 Ha) atau sekitar 3,34 % dari seluruh wilayah.